Минфин России в письмах от 09.04.15 № 03-07-11/20293 и № 03-07-11/20290 разъяснил, что применение вычета НДС по частям в разных налоговых периодах, не противоречит нормам налогового законодательства.
Это правило действует в отношении вычетов налога при приобретении товаров (работ, услуг, имущественных прав) на ерритории РФ и в отношении уплаченных сумм при ввозе товаров на территорию России (пункт 2 ст. 171 НК РФ). В остальных случаях (например, по «авансовому» счету-фактуре) переносить вычеты нельзя.
Дело в том, что с 1 января 2015 года вступил в силу пункт 1.1 статьи 172 НК РФ, который допускает применение вычетов НДС, предусмотренные пунктом 2 ст. 171 НК РФ, можно в течение трех лет после принятия на учет приобретенных на территории РФ товаров (работ, услуг), имущественных прав или товаров, ввезенных на территорию РФ. В связи с этим в Минфине решили, что принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров, работ, услуг, не противоречит Налоговому кодексу.